Ma a zöld hidrogén előállításának költsége továbbra is magas. Egy tavaly közzétett jelentésben (2018 adat felhasználásával) a Nemzetközi Energia Ügynökség a zöld hidrogén kilogrammonkénti költségét 3-7,5 dollárra becsülte, míg a metángőzzel utólagosan felszerelt hidrogéntermelés költsége 0,90-3,20 dollár volt. kiló. Az elektrolizátorok költségének csökkentése kritikus fontosságú a zöld hidrogén árának csökkentése szempontjából, de ehhez időre és nagyságrendre van szükség. A Nemzetközi Energia Ügynökség tavaly azt közölte, hogy az elektrolizáló berendezések költségei 2040-re felére csökkenhetnek a mai kilowattonkénti 840 dollárról. A zöld hidrogén üzleti célja sok olcsó megújuló villamos energiát igényel, mivel az elektrolízis folyamatának jelentős része elvész. A Shell szerint az elektrolizátorok 60 és 80 százalék közötti hatásfokúak.
Számos alkalmazás zöld hidrogént igényelhet az üzemanyagcellák működtetéséhez, ami további veszteségekhez vezet, ami még súlyosabbá teszi a hatékonysági kihívást. Egyes megfigyelők úgy vélik, hogy a zöld hidrogéntermelés elnyelheti a megújuló energia többletkapacitását olyan nagy termelési központokban, mint például az európai tengeri szélerőművek. Tekintettel azonban arra, hogy az elektrolizátorok ára továbbra is magas, kérdéses, hogy a zöld hidrogén projektek fejlesztői hajlandóak lesznek-e tétlenül hagyni elektrolizátoraikat, amíg a megújuló energia ára egy bizonyos szintre nem csökken. Valószínűbb, ahogy a BP és a Shell már fontolgatja, hogy a fejlesztők zöld hidrogén-termelő üzemeket építenek az erőforrásokban gazdag területeken, és ezeket speciális megújuló energiatermelő eszközökkel látják el.
